66 Pelabuhan Tak Berizin, BPK Ungkap Kerugian Negara Rp 2,44 T di Pelindo

Jakarta, MI – Badan Pemeriksa Keuangan (BPK) mengungkap persoalan serius dalam pengelolaan jasa kepelabuhanan oleh PT Pelabuhan Indonesia (Persero) atau Pelindo. 

Dalam Laporan Hasil Pemeriksaan (LHP) atas kinerja Pelindo tahun 2023 hingga Semester I 2024 tertanggal 20 mei 2025 yang diperoleh Monitorindonesia.com, Kamis (5/3/2026), auditor negara menemukan praktik pengelolaan yang berpotensi menimbulkan kerugian ekonomi negara hingga triliunan rupiah.

Temuan paling mencolok adalah terkait kegiatan pengerukan kolam dan alur pelayaran yang selama bertahun-tahun justru dibiayai oleh Pelindo.

Padahal, berdasarkan perjanjian konsesi dan ketentuan dalam sektor pelayaran, pekerjaan pengerukan tersebut merupakan kewajiban Otoritas Pelabuhan yang berada di bawah Kementerian Perhubungan.

BPK mengungkap bahwa sepanjang 2016 hingga 2023 Pelindo telah mengeluarkan biaya mencapai Rp2.448.242.435.248 untuk kegiatan pengerukan di berbagai pelabuhan yang dikelolanya.

Nilai tersebut dihitung berdasarkan analisis Kantor Akuntan Publik (KAP) terhadap seluruh biaya pengerukan yang telah dikeluarkan perusahaan selama periode tersebut.

Kondisi ini dinilai menciptakan inefisiensi besar dalam pengelolaan pelabuhan nasional. Karena pekerjaan yang seharusnya menjadi kewenangan negara justru dibiayai oleh operator pelabuhan milik negara sendiri, beban operasional perusahaan meningkat tajam.

Jika kondisi ini terus berlangsung, potensi kerugian ekonomi negara bisa semakin besar karena biaya operasional tersebut pada akhirnya dapat mempengaruhi struktur tarif jasa kepelabuhanan dan efisiensi logistik nasional.

Selain persoalan biaya pengerukan, BPK juga menemukan masalah serius terkait perizinan ruang laut. Audit tersebut mengungkap bahwa sebanyak 66 pelabuhan yang dikelola Pelindo belum memiliki Persetujuan Kesesuaian Kegiatan Pemanfaatan Ruang Laut (PKKPRL).

Ketiadaan izin tersebut membuka potensi risiko hukum dan beban biaya tambahan di masa depan. Pelindo diwajibkan mengurus PKKPRL kepada Kementerian Kelautan dan Perikanan (KKP) untuk seluruh pelabuhan tersebut serta melakukan perpanjangan izin setiap dua tahun apabila perizinan berusaha atau perizinan non-berusaha belum diterbitkan.

BPK menilai kondisi ini dapat menyebabkan biaya jasa pelabuhan menjadi lebih mahal, karena Pelindo harus menanggung kewajiban administrasi dan biaya perizinan tambahan yang sebelumnya tidak diperhitungkan dalam operasional pelabuhan.

"Kondisi tersebut mengakibatkan biaya jasa pelabuhan menjadi tidak efisien karena PT Pelindo (Persero) menanggung biaya atas kegiatan pengerukan kolam dan alur yang seharusnya menjadi kewajiban Otoritas Pelabuhan selama Tahun 2016 s.d. Tahun 2023 (sebagaimana perhitungan KAP) sebesar Rp2.448.242.435.248," petik laporan BPK.

"Terdapat risiko hukum atas pelabuhan yang belum memenuhi PKKPRL dan biaya jasa pelabuhan berpotensi menjadi lebih tinggi dengan adanya kewajiban PT Pelindo (Persero) di masa depan untuk mengajukan PKKPRL kepada Kemen KP pada 66 pelabuhan dan perpanjangan setiap dua tahun atas PKKPRL yang sudah terbit apabila Perizinan Berusaha atau Perizinan Non Berusaha belum diterbitkan."

Audit juga menyoroti adanya kelalaian dari Kementerian Perhubungan. BPK menilai kementerian tersebut tidak menjalankan kewajiban pengerukan kolam dan alur sebagaimana diatur dalam perjanjian konsesi dan Peraturan Pemerintah Nomor 31 Tahun 2021 tentang Penyelenggaraan Bidang Pelayaran.

Selain itu, Kemenhub juga disebut tidak melakukan penggantian biaya pengerukan yang telah lebih dahulu dikeluarkan oleh Pelindo melalui mekanisme penghitungan kewajiban pembayaran PNBP konsesi.

Tak hanya itu, BPK juga menyoroti lemahnya pengawasan di internal perusahaan. Executive Director 1 hingga 4 Pelindo dinilai kurang cermat dalam mengurus perizinan PKKPRL di wilayah kerja masing-masing. 

Sementara itu, Direktur Investasi Pelindo disebut belum memasukkan risiko pelanggaran hukum akibat belum adanya PKKPRL dalam profil risiko perusahaan.

Temuan tersebut menunjukkan adanya kelemahan tata kelola dan koordinasi antar lembaga yang berpotensi menimbulkan dampak finansial besar bagi negara. Jika kewenangan dan tanggung jawab antara pemerintah dan operator pelabuhan tidak segera diperjelas, potensi pemborosan anggaran dan inefisiensi di sektor pelabuhan dapat terus terjadi.

Atas temuan tersebut, BPK merekomendasikan agar Direktur Utama Pelindo segera berkoordinasi dengan Kementerian Perhubungan, Kementerian BUMN, dan instansi terkait untuk memastikan kewajiban pengerukan kembali dilaksanakan oleh pemerintah.

Alternatif lainnya adalah membuat addendum perjanjian konsesi yang mengatur mekanisme penggantian biaya pengerukan yang telah dikeluarkan oleh Pelindo.

Selain itu, BPK juga meminta manajemen Pelindo segera menuntaskan pengurusan PKKPRL di seluruh pelabuhan yang belum memiliki izin serta memperbaiki sistem manajemen risiko perusahaan untuk mengantisipasi potensi pelanggaran hukum.

Temuan ini menjadi sinyal keras bagi pemerintah dan BUMN sektor pelabuhan. Tanpa pembenahan tata kelola yang tegas, potensi pemborosan triliunan rupiah dalam pengelolaan pelabuhan nasional dapat terus berulang dan pada akhirnya berdampak langsung pada keuangan negara serta efisiensi sistem logistik Indonesia.